Durant els anys 40 intervé en les formacions de Sam Donahue -el que suposarà el seu primer contracte professional el 1940-, Red Norvo -amb qui enregistrà el seu primer solo el 1942-, Woody Herman i Benny Goodman -amb qui va aparèixer el Festival de Newport de 1958-. Sideman de luxe, Bert és escollit "Músic de l'any" (1955) per la "Metronome Yearbook".
A partir de 1956 treballarà esporàdicament amb Charlie Mingus i entrarà com a músic estable en la Thad Jones/Mel Lewis Orchestra. Sota el seu nom enregistra diferents treballs amb Hank Jones, Wendell Marshall i Kenny Clarke.
El 1959 entrarà a formar part de la banda d'en Thelonious Monk, amb el que tornà a col·laborar el 1963-64. Ha publicat la seva "Eddie Bert Trombone Method" (Charlie Colin).
Hàbil instrumentista, dotat un estil estrictament "swing", de potent sonoritat i molt bon gust. La seva capacitat d'adaptació i el seu rebuig a les excentricitats el fan un músic molt sol×licitat, que demostra la seva sòlida coherència en el discurs de les seves improvisacions.